С момента организации Института работает отдел по подготовке научных кадров, созданный для привлечения талантливой молодежи, обучения и профессионального роста.

На базе ИБХФ РАН совместно с профильными кафедрами девяти московских ВУЗов создан научно-образовательный центр (НОЦ) Биохимическая физика, включающий: 4 базовые кафедры(«Моделирование процессов органического синтеза и биосистем», «Химии и физики полимеров», «Перспективные эластомерные материалы», «Химическая энзимология») и Центр коллективного пользования (ЦКП) «Новые материалы и технологии», включающий Центр по исследованию современных материалов (МЦИСМ) и  Центр ЭПР-спектроскопии