Федеральное государственное бюджетное учреждение науки Институт биохимической физики им. Н.М. Эмануэля Российской академии наук создан в соответствии с постановлением Президиума РАН N 227 от 13 декабря 1994 г. "О реорганизации Института пищевых веществ РАН и образовании Института биохимической физики РАН" с целью развития фундаментальных исследований физической сущности химических процессов в биологических и молекулярно-организованных химических системах. Директор-организатор Института – академик А.Е. Шилов. Большая роль в создании и становлении Института принадлежит его заместителю, профессору Е.Б. Бурлаковой.

В 1995 г. Институт был зарегистрирован как научное учреждение (некоммерческая организация) и внесён в Единый государственный реестр юридических лиц, а в 1998 г. - в Единый государственный регистр предприятий, в 1999 г. Институт получил свидетельство о государственной аккредитации. В соответствии с постановлением Президиума Российской академии от 26 сентября 1998 г. № 198 Институту присвоено имя академика Н.М. Эмануэля.

В 2004 г. Институт биохимической физики им. Н.М. Эмануэля РАН возглавил член-корреспондент РАН С.Д. Варфоломеев, а в 2015 г. директором ИБХФ РАН избран д.х.н., профессор И.Н. Курочкин. В настоящее время исследования научного коллектива Института сконцентрированы на решении новых, актуальных проблем современной биохимической физики – создании новых типов энергоносителей из возобновляемого сырья, новых био- и нанокатализаторов, разработке тонкопленочных солнечных элементов, новых бионанотехнологий, развитии методов масс-спектрометрии биомакромолекул, получении новых лекарственных препаратов и др.