ЛАБОРАТОРИЯ КОМПЬЮТЕРНОГО МОДЕЛИРОВАНИЯ БИОМОЛЕКУЛЯРНЫХ СИСТЕМ И НАНОМАТЕРИАЛОВ

Лаборатория компьютерного моделирования биомолекулярных систем и наноматериалов
Заведующий - д.х.н., профессор Немухин Александр Владимирович
Телефон: 939-10-96, е-mail: nemukhin@hotmail.com

А.В. Немухин - выпускник Химического факультета МГУ имени М.В. Ломоносова (1969), кандидат хим. наук (1975, научный руководитель - д.ф.-м.н., профессор Н.Ф. Степанов), доктор хим. наук (1989). В ИБХФ РАН с 2006 г. по совместительству с работой на Химическом факультете МГУ имени М.В. Ломоносова (с 1991 г. – профессор кафедры физической химии). С 2010 г. – заслуженный профессор МГУ. Области научных интересов - химическая и биохимическая физика, квантовая химия, молекулярное моделирование, компьютерные технологии, химические и фотохимические превращения в белковых макромолекулах. 

 

Основные направления исследований

 

  • Компьютерное моделирование строения и свойств химических соединений;
  • Развитие и применение методов молекулярного моделирования на основе квантовой теории;
  • Различные аспекты квантовой химии;
  • Развитие и применение многоуровневого метода квантовой механики/молекулярной механики;
  • Применение классической и квантовой молекулярной динамики;
  • Моделирование реакций ферментативного катализа;
  • Фотохимические процессы в белковых макромолекулах;
  • Моделирование для биохимических и биомедицинских приложений;
  • Моделирование критических явлений в химической кинетике.

 

Лаборатория была организована в 2006 г. на базе лаборатории квантовой химии (руководитель - д.х.н. профессор К.В. Боженко) отдела электроники органических материалов. Развитие и применение квантово-химических и молекулярно-динамических подходов для моделирования биомолекулярных систем и наноматериалов составляет основное направление лаборатории.

 

Состав лаборатории

 

Быков Валерий Иванович, в.н.с., д.ф.-м.н., профессор

Григоренко Белла Людвиговна, с.н.с., д.ф.-м.н.

Московский Александр Александрович, с.н.с., к.х.н.

Атражев В.В., с.н.с., к.ф.-м.н.

Астахова Т.Ю., с.н.с., к.ф.-м.н.

Тимохина Е.Н., с.н.с., к.ф.-м.н.

Коц Екатерина Дмитриевна, м.н.с.

Лущекина Софья Владимировна, с.н.с., к.х.н.

Немухин Александр Владимирович, д.х.н., профессор

 

Избранные публикации

 

  1. Немухин А.В., Григоренко Б.Л., Лущекина С.В., Варфоломеев С.Д. Квантово-химическое моделирование в исследовании молекулярных механизмов действия ферментов. Успехи химии 2012, 81, 1011-1025.
  2. Bravaya, K.B., Grigorenko, B.L., Nemukhin, A.V., Krylov, A.I. Quantum chemistry behind bioimaging: Insights from ab initio studies of fluorescent proteins and their chromophores. Accounts of Chemical Research 2012, 45, 265-75.

 

  1. Grigorenko B.L., Nemukhin A.V., Polyakov I.V., Morozov D.I., Krylov A.I. First-Principles Characterization of the Energy Landscape and Optical Spectra of Green Fluorescent Protein along the A→I→B Proton Transfer Route. Journal of the American Chemical Society 2013, 135, 11541-11549.

 

  1. Grigorenko B.L., Nemukhin A.V., Polyakov I.V., Krylov A.I. Triple-Decker Motif for Red-Shifted Fluorescent Protein Mutants. Journal of Physical Chemistry Letters 2013, 4, 1643-1647.

 

  1. Grigorenko B.L., Polyakov I.V., Savitsky A.P., Nemukhin A.V. Unusual Emitting States of the Kindling Fluorescent Protein: Appearance of the Cationic Chromophore in the GFP Family. Journal of Physical Chemistry B 2013, 117, 7228-7234.

 

  1. Nemukhin A.V., Grigorenko B.L., Morozov D.I., Kochetov M.S., Lushchekina S.V., Varfolomeev S.D. On quantum mechanical – molecular mechanical (QM/MM) approaches to model hydrolysis of acetylcholine by acetylcholinesterase. Chemico-Biological Interactions 2013, 203, 51-56.

 

  1. Lushchekina S.V., Nemukhin A.V., Varfolomeev S.D., Masson P. Molecular modeling evidence for His438 flip in the mechanism of BuChE hysteretic behavior” Journal of Molecular Neuroscience 2014, 52, 434–445.

 

  1. Grigorenko B.L., Khrenova M.G., Nilov D.K., Nemukhin A.V., Švedas V.K. Catalytic Cycle of Penicillin Acylase from Escherichia Coli: QM/MM Modeling of Chemical Transformations in the Enzyme Active Site upon Penicillin G Hydrolysis. ACS Catalysis 2014, 4, 2521-2529.

 

  1. Khrenova M., Grigorenko B., Mironov V., Kolomeisky A., Nemukhin A., Hydrolysis of guanosine triphosphate (GTP) by the Ras-GAP protein complex: Reaction mechanism and kinetic scheme. Journal of Physical Chemistry B 2015, 119, 12838-12845.

 

  1. Khrenova M., Topol I., Collins J., Nemukhin A., Estimating orientation factors in the FRET theory of fluorescent proteins: The TagRFP-KFP pair and beyond. Biophysical Journal 2015, 108, 126-132.

 

  1. Быков В.И., Ломакин С.М., Цыбенова С.Б., Варфоломеев С.Д. Кинетические закономерности импульсного пиролиза углеродсодержащего сырья в режиме осциллирующего изменения температуры. Доклады АН  2015,  462, 52-54.

 

  1. Grigorenko B., Nemukhin A., Polyakov I., Khrenova M., Krylov A.I. A light-induced reaction with oxygen leads to chromophore decomposition and irreversible photobleaching in GFP-type proteins. Journal of Physical Chemistry B 2015, 119, 5444-5452.

 

Яндекс.Метрика